Факультет инновационных технологий создан в 2009 году в результате реорганизации Томского инновационного центра Западной Сибири. Факультет сочетает практическую инновационную деятельность и готовит инженеров-менеджеров в области управления инновациями и управления качеством.
Выпускники работают в научно-производственных организациях России в качестве инженеров по качеству, стартап-менеджеров, а также специалистами в области развития.